Ngày 16/7/2007, Bộ Y tế ban hành Quyết định số 2576/QĐ - BYT về việc thành lập Viện Giám định Pháp y Tâm thần Trung ương trên cơ sở tổ chức Giám định Pháp y Tâm thần Trung ương, Khoa Pháp y của Bệnh viện Tâm thần Trung ương 1, Khoa Pháp y của Bệnh viện Tâm thần Trung ương 2. Viện Giám định Pháp y Tâm thần Trung ương lấy Khoa Pháp y, Bệnh viện Tâm thần Trung ương 1 làm trụ sở chính và chính thức đi hoạt động kể từ ngày 01/01/2008.
Thực hiện Luật giám định tư pháp số 13/2012/QH13 và Nghị định số 85/2013/NĐ-CP quy định chi tiết và biện pháp thi hành Luật giám định tư pháp. Ngày 10/3/2014, Bộ Y tế ban hành Quyết định số 806/QĐ-BYT đổi tên Viện Giám định pháp y tâm thần Trung ương thành Viện Pháp y tâm thần Trung ương.
Viện Pháp y tâm thần Trung ương là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Bộ Y tế; có tư cách pháp nhân, có con dấu, có tài khoản riêng mở tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật, có trụ sở làm việc đặt tại xã Hòa Bình, huyện Thường Tín, Thành phố Hà Nội (sau đây gọi tắt là Viện).
Viện Pháp y tâm thần Trung ương là đơn vị trực thuộc Bộ Y tế. Viện là đơn vị sự nghiệp có thu, có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản và trụ sở làm việc riêng[1].Viện có trụ sở chính tại Thường Tín, Hà Nội; có Phân viện Pháp y tâm thần Bắc miền Trung tại tỉnh Nghệ An.